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作物育种方法与作物的繁殖方式有密切关系。但具有相同繁殖方式的作物，因花器构造和开花习性不同，所能采用的育种方法也常有差别。作物育种技术可分为常规育种和分子育种。 常规育种有系统育种、杂交育种、回交育种、诱变育种、远缘杂交、杂种优势利用等育种方法。 系统育种是根据育种目标，从现有品种群体中选择优良个体，通过多次试验优中选优，培育新品种。如我国第一个矮秆、早熟、抗倒和高产的水稻新品种矮脚南特就是用这种方法选育的。 杂交育种是不同品种间杂交，继而在杂种后代中选择符合生产要求的新品种。现在各国主要作物优良品种大多数是这种方法育成的。 回交育种是从杂种一代起多次用杂种与亲本之一继续杂交，从而育成新品种的方法。由于一再与亲本之一杂交，故称回交。 诱变育种是人为地利用各种物理、化学和生物等因素诱导作物遗传发生变异，然后根据育种目标从变异后代中选育成新品种。 远缘杂交是不同种、属或亲缘关系更远的杂交。如小麦品种小偃6号是小麦与长穗偃麦草杂交选育而成。远缘杂交的范围极为广泛，如水稻与玉米、高粱杂交，苹果与梨杂交等。远缘杂交既可创造新作物，又可改良现有作物。 杂种优势利用。杂种优势一般是指杂种在生长势、繁殖力、适应性、产量、品质等方面优于其亲本的现象。袁隆平院士培育的超级稻就是利用水稻的杂种优势，大幅度提高了水稻产量。 分子育种则主要包括分子标记选择育种、转基因育种、分子设计育种等。 分子标记辅助选择育种。分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列，将传统的表现型选择成为基因型选择，大幅度提高了育种效率。 转基因育种。转基因育种就是根据育种目标，从供体生物中提取出控制某种性状的基因（目的基因），将其转入受体作物的基因组，获得转基因株，培育成新品种，并实现大面积推广。其优点主要是能够对生物体的特定基因进行改造和转移，使育种过程更为精确，现已成为新品种培育的重要途径。 品种分子设计育种。品种分子设计利用分子标记辅助选择技术和转基因技术创制优异种质资源，实现多基因组装育种。优点是基因转移、表型鉴定精确、育种周期短等。 随着细胞生物学和分子遗传学的迅速发展，细胞融合、分子探针、单基因克隆等新技术的成功实验为作物育种带来更多强有力的手段，都可能使作物育种技术在不久的将来产生革命性变化。
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