现在，从中国西南部的云南省到华东沿海的江苏省，不少农民给庄稼上肥时，用生物菌肥代替了化肥。
　　专家说，在中国农村推广使用以细菌作原料的菌肥是防止农业生产给河流湖泊造成污染的重要途径。这种污染是农田中大量化肥、农药残留物随着雨水流入江河湖泊造成的。
　　环保部门提供的资料显示，目前中国各地的工业和城市生活污水，相当部分经过污水处理厂的处理后再排入河流湖泊，对水体的污染程度明显减轻了，不过这也使得来自农业的污染物造成的危害更突出了。近期的河湖污染，污染源四分之三来自农业。
　　云南省环境科学研究所的高级工程师郭慧光说：“中国农民大规模使用化肥农药始于２０世纪６０年代中期，几十年来化肥使中国的粮食产量得到了大幅度提高，但是也造成了相当大的负面影响。目前农民大多数是直接将化肥农药洒入田里，这不仅不能向作物提供持续的养料，而且在下雨和浇灌时会将大部分化肥农药冲走，由于无法进行集中处理，最终进入江河湖海，这些被污染的水又被人们饮用，可谓是害上加害。”
　　长期过度使用化肥，已经造成中国许多农田的土壤板结，施肥的效果下降，最终又带来产品的品质下降，这直接表现为产品的口感差了。因此许多人抱怨“蔬菜没有从前的味道好了”。
　　为了克服使用化肥的诸多负面影响，中国科学家正在研究用菌肥代替化肥。云南省环境科学研究所科技产业部主任张涛说，他们与清华大学合作，把一些细菌经过技术处理后使之成为能够固化土壤、保持营养物质的生物细菌肥料。这种菌肥不会像传统化肥那样给环境带来污染，而且可以为植物提供均衡全面的营养，使植物长得更健壮，品质明显改善，病虫害发生的概率也大为降低。生物菌肥是将农作物的秸秆剁碎后放入发酵池中，加进菌种，经过与牲畜、人的粪便混合发酵后取出来施到田里。这些细菌能够较好地固化空气和土壤中的氮，同时具有分解磷和钾的特性。氮磷钾是植物生长必需的营养物质也是污染水源的主要物质，经过分解后的氮磷钾对水的污染会降得很低。
　　据参与实验的工程师戴丽介绍，对蔬菜施用生物菌肥的实验表明，它们比用化肥生长得好，菌肥的特点是能持续供给养分。她说，和化肥不同的是，菌肥不会积淀在植物叶片上或土壤中，在遇到降水就会随之流走。它可以把固态氮转化为易吸收的离子态的氮，这使板结的土壤变得柔软。