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因为质量好的抗虫棉种，特别是杂交抗虫棉种的价格较高，所以不少棉农为了节省购买棉花良种钱，在棉花收获时，便在自家棉田里进行棉种自选、自留、自用。其结果是：使用自留棉种，导致棉花严重减产减收的事例屡见不鲜。为此，提醒广大农民朋友，为了确保您的植棉效益，种植抗虫棉，千万不可自留种！以免造成不必要的损失。 自留种的纯度低，抗虫性能下降，势必减产减收 因棉花是常异交作物，异花授粉率一般在 10％左右，高者可达20％。在抗虫棉的良种繁育田周围，一般需要设置宽500米以上的隔离带，在隔离带内不能种植棉花。如果不设置这样的隔离带，其它棉花的花粉就会造成良种田的棉种混杂。这样高的防杂措施，对一家一户来说，是很难做到的。对于常规棉花品种来说，棉种稍有点混杂（在5％以内），造成的减产减收不明显；而对抗虫棉来说，少量混杂便会造成较大损失。这是因为目前种植的抗虫棉品种，均对3龄以上棉铃虫幼虫的杀灭作用很差。混入的杂株不但本身不抗棉铃虫，使棉铃虫在其上存活危害，而且还会向周围抗虫棉株上迁移危害，危害较重时，如果不及时防治，就会造成较大减产。据笔者近年来对中棉所系列、鲁研棉系列等13个抗虫棉品种的纯度田间调查结果：品种纯度98％以上的，第2代棉铃虫在一般发生年份，未进行喷药防治，棉株顶尖受害率只有2.5％ ~4.36％，平均亩产75.2公斤；自留棉种田的平均纯度86.6％，2代棉铃虫喷药防治平均2.7次，棉株顶尖受害株10.1％，平均亩产68.4公斤。自留种棉田比合格种棉田，每亩减产6.8公斤，减产9.04%，每亩减收（含防治用工、用药）86元。 杂交抗虫棉只能种植杂交第一代种，不能留种种植第二代。目前我国种植的常规抗虫棉品种，只要搞好提纯复壮，保持原来的种性，可以留种进行多年种植。而中棉所29号、38号，鲁研棉 15号、20号、23号、24号、25号等杂交抗虫棉品种，只能种植杂交第一代种子，需要年年配制杂交第一代种子用于大田生产。杂交第一代种棉田所产的种子便是杂交第二代，如果将杂交第二代种子用于大田生产，田间长出的植株便出现严重分离，株型各异，抗虫性能、产量、品质都大幅降低。据试验，同一品种的杂交第二代种，比杂交第一代种一般减产15％以上。所以，棉农种植杂交抗虫棉不能留种，需购买杂交第一代种用于大田生产。 自留种子的加工质量差 正规的大型种子企业生产的抗虫棉种，是按照国家棉花良种繁育程序和质量标准生产的。采用的是先进种子加工设备加工和严格的质量检测。棉种经过机械汰选、硫酸脱绒、种衣剂包衣、小袋包装等多道工序加工而成。经过机械汰选，将秕籽、破籽、霉变籽、过大过小籽全部剔除，使棉种达到均匀整齐饱满的标准。然后经过硫酸脱绒，将毛棉籽表面的短绒除去，消灭了短绒所带的病菌，加快了棉种的吸水发芽出苗过程。最后用种衣剂包衣，种衣剂含有杀虫剂、杀菌剂、微量元素，使棉种具有明显的抗病虫害能力，确保了幼苗生长健壮。这样高质量的棉种，棉农自留种是不可能达到的。
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