三叶草常见的病害主要有菌核病和病毒浸染。
受菌核病浸染的植株，开始病部呈水渍状、浅褐色斑痕，然后向上蔓延。斑痕色泽由浅褐色变成灰白色。这时根茎基部软腐，长出白色絮状物，或黑色菌核粒。受害轻者，植株呈星点发黄，重则大片萎焉枯死。
防治方法：首先将植株拔起，并集中处理，以减少蔓延。多雨季节注意排水，避免草地积水，减少发病条件。其次是用化学农药控制。常见的乙烯菌核剂，能使菌核细胞破裂。市售的50%农利灵可湿性粉剂，每亩用量75-100克，兑水喷雾，每周1次，连用3-4次，基本可以控制。还可选用25%扑海因悬浮剂，每亩用量66-100克，兑水喷雾，同样能收到防治效果。被病毒感染的白三叶，初期叶片出现花斑或叶脉黄化或皱缩，严重时植株枯死。防治方法，只能从改善栽培条件入手，用药物防治很难奏效。可采用种子消毒，土壤处理，杀灭传播昆虫媒介等方法。
三叶虫害主要有：叶蝉、白粉蝶、地老虎等，平时注意观测，一旦发现，及时防治。
叶蝉：主要以幼虫和成虫栖息于叶背，吮吸叶汁液。轻者叶片退绿，并在叶片上出现小白点，重则叶片呈苍白色，观赏价值大大降低。
防治方法：4月下旬检查，若发现幼虫，可以50%的杀螟松1500倍液，或以除虫菊酯类农药2000液倍喷杀。喷药要均匀，叶面叶背、植株上下里外都要喷到。
地老虎：早春危害根芽，尤其是砂质土和连作地发生较重，有的在地面咬断根茎，有的从地下啃食萌芽，造成植株成片死亡。
防治方法：除常用的毒液诱杀外，可用呋喃丹颗粒进行沟施或穴施，每亩用量1500-2000克。此药残效期长，施药后7-8周可免遭危害。
白粉蝶：是三叶草几大害虫之一。每年4-10月，常有白粉蝶幼虫危害叶片。尤其是在夏季干热少雨季节发生最重，幼虫能将叶片吃光。受害植物生长势减弱。
防治方法：可在幼虫危害期喷青虫菌杀灭。也可在早晨露水未干时，撒2.5%敌百虫粉剂，每亩用量3-4斤，效果较理想。
此外，在入夏前，对生长过旺的植株，可进行一次刈割，以利于通风透光，培养壮苗度夏，减少生理黄化。刈割下来的草叶或作为牲畜饲料，或沤绿肥。刈割之后注意灌溉，让其尽快回复生长，增强抗性。
