食用菌与一般农作物不一样，其生育期短，组织柔嫩，抗药能力差，且子实体易于积累化学农药残毒，影响食用菌的风味和人的身体健康。其次，由于食用菌与大多数杂菌及病原菌具有同源性，且目前还没有高效的选择性杀菌剂可供使用。因此食用菌病虫害及杂菌的防治应该以预防为主，强调环境控制和物理防治相结合的综合防治办法。
 一、防治原则
 1. 预防为主，综合防治；
 2. 选用抗病、虫害品种及进行合理的栽培管理；
 3. 组成较完整的防治系统，减少或控制病害来源。
 二、注意事项
 1. 子实体生长期短，又直接食用，严禁使用剧毒农药。
 2. 需化学药剂辅助治疗时，一定要选用有产品登记号的高效、低毒、低残留药剂，并做到适时、适量合理使用。
 3. 出菇期间禁用化学药剂防治。
 三、综合防治措施
 1. 菇场设计科学  从防止有害生物角度出发，把原料库、配料厂、肥料堆积场等感染源区与菌种室、接种室、培养室、出菇棚等易染区隔离；防止材料、人员、废料等从污染区流动到易染区；有条件的菇场，应将培养室与出菇棚分开，以减少培养期污染。
 2. 环境卫生清洁  搞好环境卫生是有效防治多种有害生物的重要手段之一，也是其他防治技术获得成功的基础。做好日常清洁卫生工作，将废弃物和污染物及时烧毁或深埋；及时清理周边环境中的杂草、积水及各种有机残体，避免病虫滋生；避免使用不清洁的污水；同时控制栽培场人员流动。此外，每一季栽培结束后，应彻底清理菇场。
 3. 选用适宜品种  选用抗病虫性、抗逆性强的菌种；同时，使用菌龄适宜的菌种，并通过适当加大播种量，增强抗病虫能力。
 4. 配料慎重合理  生产选用新鲜、无变质的原材料；配料时勿添加过多糖、粮类营养，拌料时要求偏弱碱性。严格灭菌操作，避免灭菌不彻底造成的批量污染。
 5. 实施轮作换茬  对于发生过严重性病害、虫害的出菇棚或栽培场所应采取换茬或轮作的方法，避免病虫害再次爆发。
 6.物理防治较好  菇场设施的门窗要安装防虫网、纱窗等；出入菇房随手关门，防止蝇、蚊成虫飞入产卵。发菌期间防止温差过大或过高等不利于菌丝生长的情况出现；出菇期间防止高温高湿，有利于减少病害发生。此外，人工捕杀、人工诱杀等措施也是有效的虫害防治办法。
 7. 生物防治最佳  生物防治技术是实现无公害食用菌生产的关键技术，虽然尚处于技术起步阶段，但符合发展要求，前景乐观。目前投入使用的产品种类有：细菌制剂，如苏云金杆菌用于防治螨类、蝇蚊、线虫等；植物制剂，如鱼藤精、烟草浸出液等，这些生物药剂可以对多种食用菌病虫害起到一定的防治作用。