1.保护剂：在病菌侵入之前使用，无内吸作用，只控制病菌的萌发和侵入，能保护苜蓿免受侵染。苜蓿上常用的保护剂有如下种类：
① 代森铵：45%水剂1000倍液喷雾可防治苜蓿霜霉病和苜蓿细菌性病害。
② 代森锌：80%可湿性粉剂500～800倍液，或65%可湿性粉剂400～600倍液喷雾，对苜蓿霜霉病有显著效果。
③ 代森锰锌：70%可湿性粉剂配成600倍液可防治苜蓿霜霉病、褐斑病、锈病和黄萎病。
④ 波尔多液：用硫酸铜、生石灰和水按0.5:1:100配成的波尔多液可防治霜霉病。
⑤ 百菌清：70%、75%可湿性粉剂加水配成不同浓度的药液，可防治褐斑病、锈病、黄斑病及霜霉病。
⑥ 敌克松：95%可湿性粉剂每亩用150～250克，加水喷雾或在苜蓿根颈周围沟施可防治苜蓿丝核菌病。
⑦ 福美双：50%可湿性粉剂500～750倍液喷雾，防治苜蓿黄萎病和褐斑病。
2.内吸杀菌剂：病菌侵入后使用，有内吸作用，控制病菌在苜蓿体内的扩展和蔓延。内吸杀菌剂能被植物吸收，并能在植物体内传导，发挥杀菌作用。苜蓿上常用的内吸杀菌剂有如下种类：
① 粉锈宁：20%乳油分别配成1000～1500和3000～5000倍液喷雾可有效地防治苜蓿锈病和苜蓿白粉病。
② 甲基托布津：用70%甲基托布津可湿性粉剂1000～1500倍液可防治苜蓿褐斑病、白粉病、锈病、黄斑病及菌核病。
③ 乙磷铝：40%可湿性粉剂稀释成400倍液喷雾防治苜蓿霜霉病。
④ 苯菌灵：50%可湿性粉剂1500～2000倍液喷雾可有效防治苜蓿褐斑病、白粉病、黄斑病和丝核菌病。
⑤ 菌核净：40%可湿性粉剂每亩100～150克加水70～100升，可有效地防治苜蓿菌核病。
⑥ 噻枯唑：25%噻枯唑可湿性粉剂每亩100～300克，对水喷雾，可有效防治苜蓿细菌性叶斑病。
⑦ 多菌灵：50%可湿性粉剂稀释成750～1000倍液喷雾防治苜蓿黄萎病。
3.用药注意事项：
① 对症下药 根据不同的病害来选择合适的药剂，才能收到良好的防治效果。如杀菌剂中的硫制剂只对白粉病菌有效，对霜霉病菌无效；杀菌剂中的铜制剂对霜霉菌有效而对白粉菌无效。
② 适时用药 要根据不同苜蓿病害的发生特点和药剂的性能，抓住有利时机，适时用药。对于预防性的杀菌剂防治病害时，应在病菌未侵入植物之前使用，才能起到防病作用。在施药前，对防治对象的危害程度、侵染过程及造成的损失，应进行调查和估算，这点对病害的防治是很重要的。为了提高防治效果，选择合适的施药时间尤为重要，如雨天、大风、高温等天气不宜施药。
③ 正确用药
剂量：针对不同病害，用药剂量是经过反复试验后总结出来的，所以使用时不应随意减少或增加用量。药量过少达不到防治目的，用药量过多浪费成本，且有产生药害的危险。
施药方法：应根据防治对象的为害特点和药剂的种类、剂型特性，采用正确的施药方法和合适的施药机具，如乳油剂、可湿性粉剂等都可用水制成悬液喷雾，而油剂则不能加水稀释，用喷雾器进行喷雾。
用药次数：根据农药的残效期长短、及病害的发生情况来决定用药的次数。
④ 安全用药。农药如使用不当将对苜蓿产生药害，发生药害时植株出现生长减缓、畸形、叶斑、枯萎、落花、落叶等症状。为防止施用不当引起的人畜中毒，操作人员应穿戴好防护用具，使用性能好的施药器械，操作时间不要过长，刚喷过药的苜蓿草严禁家畜采食。还应注意保护蜜蜂和天敌的安全，许多农药对蜜蜂有伤害作用，严禁在苜蓿开花期施用对密蜂有害的农药。
⑤ 抗药性的产生。许多杀菌剂在同一地区连续使用一段时间后，病菌就对其产生了抗药性，因而防治效果显著下降。为了克服此缺点，避免长期使用单一农药，应混合用药或轮换用药。
⑥ 严禁使用禁用药剂。对残效期长、对人畜有毒、污染环境、国家已明令禁用的药物坚决不能使用。
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