一是种子在贮藏期间新陈代身过于旺盛，便释放了大量的热能，特别是种子呼吸热量积聚在种子堆内，又进一步促进种子的生理活动，释放更多的热量。如此循环便会导致种子发热。
　　二是通常种子上附着大量的微生物，由于种子生理活动新陈代谢过旺而释放热量，会引起微生物大量繁殖生长。种子呼吸热和微生物放热两者互为因果，密切相关，也是导致种子发热的主要原因。
　　三是种子在贮藏过程中由于受环境温、湿度变化和水分转移的影响，在种子堆内外会出现“结露”现象。种堆出现结露现象可使局部水分增高，造成种子的发热以致霉变。
　　四是仓储条件不良和管理不完善，往往也能引起种子发热。
　　预防措施
　　1、藏期间种子的生命活动尽管是微弱的，但仍然会不断地释放水分和热量。同时，环境条件（仓库内和大气的温、湿度，仓虫，微生物等）也都是种子发热的潜伏因素。只要掌握种子发热规律，加强管理，这种异常现象是可以预防和避免的。针对种子发热的原因，分别采取以下预防措施。
　　2、把入库种子质量关 种子在入库之前，应对净度、水分、纯度、发芽率、发芽势、生活力和病虫害等方面进行全面检验。种子必须严格清理、筛选、分极、晾晒处理。晾晒后的种子要充分冷却后才能进库。
　　3、善仓储条件，及时清仓消毒 增添必要的通风、除湿设备，减少不良环境条件对种子的影响，使种子长期处在低温、密闭、干燥的条件下。利用空调库贮藏种子，还能创造低温低湿条件，是确保种子安全贮藏的有效措施。
　　加强管理，定期检查根据气候变化规律和种子生理性状，采取相应的管理措施。夏季入库或夏后种温较高的种子，在秋冬季节要适时降温、通风，减小内外的温差；在春暖前对低温的种子要加强密闭，减少外部温暖潮湿气流侵入，以免因温差过大结露。在整个贮藏期间，必须加强对库情、种情的全面了解和种子检验工作，特别是对库内的温湿度、种温和水分等进行定期定点检测、记录和分析，发现问题及时采取措施，以保证种子的安全贮藏。