二级菌种、三级菌种质量的鉴定大体可分为如下三方面的内容。

　　其一，凡菌种瓶中出现被吞噬的斑块或直接发现有螨类活动，表明菌种已遭受螨类污染；凡菌种瓶中出现红、黄、黑、绿等各色杂菌孢子，瓶壁出现两种或两种以上明显不同菌丝构成的大大小小的分割区，瓶中散发出各种腐败、发臭等异味，都是遭受霉菌或细菌、酵母等杂菌污染的表现。均应予以淘汰，并及时进行妥善处置。

　　其二，凡菌种表面出现过厚的、致密的坚韧的菌皮，菌柱发生萎缩、脱壁，菌丝出现自溶现象，菌种底部积存大量黄褐色液体，菌种表面及四周出现过多的原基或耳芽，都是菌种老化或某种生理状况欠佳的表现，不宜使用。

　　其三，严格剔除上述两类不合格菌种后，余下菌种中，符合该种食用菌的基本特征，且菌柱吃料彻底，上下长透，生长均匀，富有弹性者，即是合格菌种。

　　需要指出的是，上述二三级菌种的质量鉴定，是针对菌种生产环节本身的质量管理而言的。至于菌种的生产性能，即在高产优质方面的表现如何，不能仅靠上述鉴定结果作出判断，而必须靠出菇试验和栽培实践去检验和证实。